Etwa ein Drittel aller Oberschulabgänger geht anschliessend auf eine Hochschule (大学 daigaku), die vier Jahre dauert und mit dem Bachelor abschliesst. Nur sehr wenige Studenten schliessen daran einen Magisterkurs (大学院 daigakuin, zwei Jahre) an, noch weniger einen Doktorkurs (meistens drei Jahre). Neben diesen 4-jährigen Universitäten gibt es noch Kurzuniversitäten (短大 tandai) mit zwei Jahren Dauer. Wie bei den Oberschulen ist auch bei allen Universitäten die Zulassung zum Studium an das Bestehen einer Aufnahmeprüfung geknüpft, die sehr schwer ist und den Jugendlichen alles abverlangt. Einige Schüler verbringen nach dem Abitur ein Jahr nur zum Lernen für die Aufnahmeprüfung. Ist die Aufnahmeprüfung allerdings geschafft, dann sind die Anforderungen im Studium relativ gering, auch die Abschlussprüfungen sind sehr einfach; entsprechend wird die Studienzeit oft genutzt, um ausgiebig die vorher wegen des Lernstresses und der meistens beengten Wohnverhältnisse bei den Eltern schwer realisierbaren Teile des Jugendlebens nachzuholen, wie etwa Partys, zwangloses Zusammensein mit Freunden, Partnerschaft. Alle Universitäten kosten Gebühren, die bei öffentlichen Hochschulen umgerechnet etwa 4.000 Euro pro Jahr betragen, bei privaten oft mehr als 10.000 Euro.