Die Hauptstrasse endete am Suzaku-mon (朱雀門, dt. Phönix-Tor) umgeben von den restlichen Palastgebäuden. Die Hauptgebäude des Palastkomplexes waren die Audienzhalle (大極殿 Daigokuden), der Chōdō-in (朝堂院) für formelle Zeremonien, die Residenz des Kaisers (内裏 Dairi) und die Büros der einzelnen Ämter. Die Fundamente bzw. Spuren dieser Gebäude sind auf der Ruinenstätte noch gut erkennbar.

Als die Hauptstadt nach Heian-kyō verlegt wurde, wurde der kaiserliche Palast aufgegeben. Über die Jahrhunderte hinweg wurden die Gebäude langsam zerstört bis in der Kamakura-Zeit von den überirdischen Anlagen praktisch nichts mehr vorhanden war. Die unterirdischen wiederum blieben erhalten. Da das Palastgelände die ganze Zeit über in kaiserlichem Besitz blieb, konnten ohne dessen Genehmigung keine neuen Gebäude gebaut werden.

1955 begannen archäologische Ausgrabungen und Restaurationen, so dass heute das Suzaku-mon und der Tou-in-Garten restauriert wurden. 1959 erklärte die National Cultural Organization of Nara dass das Gelände unverändert bleiben solle. Ausnahmen wurde gemacht für archäologische Untersuchungen, Restaurationen und dem Bau einer Bahnstrecke die durch den südlichen Teil führt. 1998 wurde das Gelände für die Öffentlichkeit freigegeben. Im selben Jahr wurde das Gelände zusammen mit umliegenden Tempeln in die Liste des UNESCO-Welterbes aufgenommen.