Die japanischen Küstengewässer sind von kalten und warmen Meeresströmungen durchzogen, an deren Berührungslinien gute Wachstumsbedingungen für Plankton bieten. Das Land liegt an einer Belastungskante der Kontinentalplatten, durch deren Verschiebungen sich eine zerklüftete Küstenlinie gebildet hat. Dadurch bietet sich ein guter Lebensraum für eine Vielzahl von Fischarten (ca. 1337), und die Küste von Sanrikuoki (三陸沖, in der Präfektur Iwate) bis hoch zu den Kurilen ist einer der drei reichsten Fischgründe in der Welt. Auch in den Flüssen gibt es eine reichhaltige Zahl von Fischarten, auch begünstigt durch das regenreiche Klima. In den Brackwassergebieten der Flussmündungen gibt es eine Vielzahl von Muscheln. Problematisch ist die Wasserverschmutzung und die Betonierung der Flussbetten, die zu einem Aussterben zahlreicher Arten geführt hat. In den Siebzigern gab es eine starke Umweltbewegung, die erste Erfolge dagegen verbuchen konnte. Die Vielfalt der japanischen Fischwelt lässt sich auch als Tourist erleben, denn Tauchen ist in Japan ein beliebter Freizeitsport und in vielen Städten gibt es grosse Aquarien.