In Japan sind über 500 verschiedene Vogelarten gesichtet worden. Da die Inselgruppe in jeder Richtung von Meer umgeben ist, ist eine Vielzahl davon Wasservögel. Von Nord nach Süd ist Japan eine wichtige Zwischenstation für Zugvögel. In Sibirien brütende Vögel finden hier ihr Winterquartier, während die in Japan brütenden Vögel im Winter in Richtung Südostasien ziehen. Auf diese Art findet eine Vielzahl von Vogelarten ihren Weg nach Japan. In den Städten finden sich Krähen (besonders die Aaskrähe), Spatzen, Tauben und Rauchschwalben. Nationalvogel ist der Buntfasan. Der japanische Haubenibis (toki, トキ) ist vom Aussterben bedroht.