An Grosssäugetieren gibt es unter anderem den Braunbär auf Hokkaidō, auf Honshu den asiatischen Schwarzbären, Sikahirsche, und den Japanischen Serau (eine Ziegenantilope). Unter den einheimischen Arten findet sich auch der Japanmakak, der auf der Shimokita-Halbinsel (Präf. Aomori) heimisch ist und damit die nördlichste Affenpopulation der Welt bildet. Die starke Verstädterung an den Küsten und auf den Japanischen Ebenen hat dazu geführt, dass einige Säugetierarten ausgestorben sind, so der japanische Wolf (Canis lupus hodophylax), der japanische Seelöwe (Zalophus californianus japonicus), der Seeotter und der Fischotter. Hunde und Katzen gibt es in Japan in einer breiten Auswahl an Rassen. Als die japanische Hunderasse wird der Shiba Inu angesehen.