Das Japanische Archipel erstreckt sich in einem langen Bogen von Norden (45. Breitengrad, Hokkaidō) nach Süden (20. Breitengrad, Okinotorishima). Im Inland finden sich eine Reihe Gebirgsketten, die die Baumgrenze überschreiten, ausserdem gehört zu Japan eine grössere Zone im Ostpazifik. Verglichen mit der Enge des Lebensraums, findet sich in Japan eine Vielzahl von Arten. Durch die Position als vorgelagerte Inselgruppe hat sich eine zwar mit „Kontinentalasien“ verwandte, aber eigenständige Flora und Fauna entwickelt. Besonders erwähnt seien hier die Ogasawara-Inseln (auch: Bonin-Inseln), 1000 km südöstlich von Tōkyō, die wegen ihren endemischen Spezies oft mit den Galapagos-Inseln verglichen werden.

Japan liegt am Schnittpunkt von drei Ökoregionen. Die Hauptinseln und die nahegelegenen Nachbarinseln sind Teil der Paläarktischen Ökozone. Die Ryūkyū-Inseln sind Teil der Indomalaischen Region, während die Ogasawara-Inseln zu Ozeanien gerechnet werden.